Le Secrétariat général regroupe les quatre divisions suivantes :

1. La Division des instances est responsable du fonctionnement des corps universitaires et d’un certain nombre de leurs comités. Elle veille au respect des processus de gouvernance de l'Université et encadre les processus de nomination du recteur et des doyens.
2. La Division de la conformité et de la gestion des risques accompagne de façon stratégique et tactique l’Université en matière de conformité, de gestion des risques et de prévention des risques de fraude. Elle s’assure de la conformité des unités aux politiques, règlements et lois en vigueur. De plus, elle accompagne le Conseil, la haute direction et les unités en matière de gestion des risques et de prévention de la fraude, dans le but de promouvoir une culture de conformité et d’éthique à l’Université de Montréal. Enfin, principal acteur de 2^e ligne de maîtrise, la division joue un rôle de coordonnateur des différentes lignes de maîtrise existantes à l’Université.
3. La Division des affaires juridiques assiste la Direction de l'Université, les corps universitaires, les facultés, les départements et les services administratifs dans toute affaire à caractère juridique.
4. La Division de la gestion des documents et des archives veille à la saine gestion des documents administratifs de l’Université, à la diffusion de ses archives historiques et au suivi des demandes d'accès à l'information.