Le Secrétariat général regroupe les quatre divisions suivantes :

1. La Division des instances est responsable du fonctionnement des corps universitaires et d’un certain nombre de leurs comités. Elle veille au respect des processus de gouvernance de l'Université et encadre les processus de nomination du recteur et des doyens.
2. La Division de la conformité et de la gestion des risques veille à l’application des politiques et règlements en vigueur à l’Université. Elle soutient les unités et les services en s’assurant de la conformité de leurs activités au cadre normatif applicable.
3. La Division des affaires juridiques assiste la Direction de l'Université, les corps universitaires, les facultés, les départements et les services administratifs dans toute affaire à caractère juridique.
4. La Division de la gestion des documents et des archives veille à la saine gestion des documents administratifs de l’Université, à la diffusion de ses archives historiques et au suivi des demandes d'accès à l'information.